鬱陶しいんですよね ntpd……全部の ip アドレスで待ち受けてて。これが docker 環境とかになると、もう最悪で veth 作られるたびに掴みに行って、挙げ句 syslog にエラー吐いて文句言う始末ですよ。
gentoo でデフォルトで作成される /etc/ntp.conf にはこの設定の例が書いてないんですよね。
interface ignore wildcard interface listen 192.168.ip.addr
こんな感じで指定してあげると、おとなしくなります。それでも 127.0.0.1:123 と ::1:123 は掴むようですが、それぐらいは許容範囲です。